El joker de El caballero oscuro siempre ha estado rodeado de misterios, dudas y teorías. Su paradero después del filme continúa siendo una incógnita, aunque en la novelización de la novela sugiere que estuvo preso en Arkham: "Lo peor de lo peor fue enviado allí, salvo el Joker, quien, según los rumores, quedó como el único preso de Arkham. O quizás se escapó. Nadie estaba seguro realmente".
Como suele ser habitual, un usuario de Reddit ha elaborado una teoría en la que intenta explicar qué ocurrió con el villano. Según Batfan54, el Joker no regresa en El caballero oscuro. La leyenda renace básicamente porque Batman se ha retirado. Al final de El caballero oscuro, Joker menciona que Batman y él serán oponentes siempre. Claramente ve una relación al estilo yin-yang. Es un tema clásico en los cómics, la idea de que el Joker necesita a Batman y, de alguna extraña manera, el Joker sugiere que Batman le necesita.
En los ocho años que transcurren entre una película y otra, Batman se ha retirado y el villano ya no tiene con quien divertirse. De hecho, en el cómic The Dark Knight Returns, el Joker ha estado diez años en estado catatónico hasta que se entera del regreso de su archienemigo.