El rodaje de la película comenzó en Marruecos, decidieron grabar en un lugar parecido a Pakistán y Afganistán. Jere Van Dyk, experto en Afganistán, y Milt Bearden, jefe de la CIA en Pakistán desde 1986 a 1989, se comprometió a garantizar la autenticidad máxima en la reconstrucción. Jere Van Dyk se había infiltrado en el país en 1981 y había convivido con los muyahidines, escribió sobre esta lucha en el New York Times y después en un libro.
'La guerra de Charlie Wilson' es la adaptación de la novela de George Crile del mismo nombre a la pantalla. Publicada en 2003, narra la historia real de este hombre, apodado "Good Time Charlie" por su amor inmoderado por la bebida y las mujeres, ayudó en la evacuación de las tropas soviéticas de Afganistán a finales de los años 80. El propio George Crile ayudó como consultor técnico en la película.
'La guerra de Charlie Wilson' es la segunda colaboración del director Mike Nichols con el actor Philip Seymour Hoffman. Ellos ya habían trabajado juntos en otra ocasión con 'La Mouette' ('La gaviota'), rodada en Nueva York.