Mega Man es un robot encargado de proteger a la humanidad. Tal y como se explica en el primer episodio, este superhéroe surge de la lucha entre los doctores Light y Wily, quienes tienen ideas muy distintas de cómo crear y usar a los robots. Mientras que Light dota a los robots de personalidad propia, Wily los usa como meras máquinas.
En el primer capítulo, Mega Man, primero conocido como Rock, demuestra su valía y su lealtad al doctor Light, al engañar a Wily y liberar a su compañero, Roll, de las garras de este malvado científico. A partir de ese momento, y en la mayoría de los episodios, Mega Man se encargará de destruir los planes de Wily y sus secuaces.