My Love Story with Yamada-kun at Lv999 es una serie de animación y comedia romática que sigue la vida cotidiana de la estudiante universitaria Akane Kinoshita. Un día le pasa lo peor que le podría suceder: su novie rompe con ella tras tener una aventura con otra mujer que conoció en un juego online. Desolada, Akane retoma el videojuego que una vez compartieron, y empieza a disfrutar de nuevo de la comunidad alrededor del mismo.
Un dia asiste a un evento offline organizado por la comunidad, donde conoce a un guapo estudiante de instituto sin sentimientos llamado Akito Yamada. Pronto descubre que este joven pertenece al mismo gremio en el que ella participa dentro del juego, y conforme va acercándose a otros miembros del gremio más se acercará a Akito.