Empedernido fan de La guerra de las galaxias, hizo realidad el sueño de toda una vida cuando le nombraron director de la producción de Lucasfilm Animation Star Wars: The Clone Wars. Explorando las muchas leyendas de tiempos de guerra y las historias no reconocidas que tienen lugar entre los Episodios II y III, Filoni supervisa la creación de nuevas aventuras en el universo icónico de Star Wars, tanto en la entrega teatral de The Clone Wars como en la serie de televisión semanal que se estrenará próximamente, en las que es el director de supervisión.

Filoni entró en Lucasfilm Animation directamente desde otra piedra de toque en el mundo fantástico, la producción animada de Nickelodeon Avatar: la leyenda de Aang. Trabajó como director en aquella serie, en la que contribuyó a expresar mejor el complejo y dinámico mundo de las series superpopulares.

Filoni inició su carrera en el mundo de la animación como ayudante de dirección en El rey de la colina, ganador de un Emmy, de Film Roman, creado por Mike Judge y Greg Daniels. Con Film Roman, Filoni también trabajó como ayudante de dirección en Mission Hill y Los Oblongs, ambas emitidas por la cadena WB. Desde ahí se fue a Walt Disney Television Animation, donde colaboró con distintos cargos en series como Teamo Supremo; Kim Possible; Dave, el bárbaro y Lilo & Stitch.