Satoko y Kiyokazu son una joven pareja que decide adoptar un bebé tras una larga y dolorosa experiencia en tratamientos de fertilidad. Seis años más tarde, reciben una llamada telefónica amenazadora de una mujer llamada Hikari, que afirma ser la madre biológica del pequeño y está dispuesta a extorsionarles por una gran cantidad de dinero.
Basado en el libro de Durian Sukegawa que lleva el mismo nombre, Una pastelería en Tokio cuenta la historia de Sentaro, un hombre que dirige una pequeña panadería en la que se sirven dorayakis, unos pasteles dulces rellenos con frijol rojo.Cuando una anciana llamada Tokue se ofrece a ayudar en la cocina, Sentaro acaba aceptando a ...