Merlí Bergeron es un profesor de Filosofía bastante peculiar. En sus clases en el instituto invitará a reflexionar a sus alumnos (incluido su hijo), ya que que utiliza métodos de enseñanza muy originales e incluso imprevisibles. De paso, esto le servirá para solucionar sus propios problemas, sus relaciones, amores y traspiéses.
Jon Arístegui, investigador en París, regresa a su pueblo vasco tras diez años por un suceso terrible. Allí revive su pasado y enfrenta el misterio sin resolver de la desaparición de su novia, Anne.