Regresa el travieso y aventurero Peter Rabbit. En esta segunda entrega, Bea (Rose Byrne) y Thomas McGregor (Domhnall Gleeson) se han casado. Eso sí, a pesar de haber logrado crear una familia improvisada, el rebelde conejo tendrá sus diferencias con McGregor y decidirá marcharse solo, más allá del jardín en el que siempre ha vivido.
La película sigue a dos ratones: Vini (un carismático poeta con un terrible miedo escénico) y Tom (un talentoso y encantador guitarrista). Cuando llega el diluvio, solo se permite que un macho y una hembra de cada especie suban a El Arca de Noé. Con la ayuda de una ingeniosa cucaracha y buena suerte, los roedores se cuelan en el arca y juntos intentarán evitar el enfrentamiento entre carnívoros y herbívoros.