Flip recibe la importante responsabilidad de cuidar de una particular bola de arcilla llamada Mushi. Abrumado por la encomienda, el joven decide huir de casa en mitad de la noche para evadir su deber. Sin embargo, pronto descubre que librarse de la peculiar criatura no resultará una tarea sencilla. Mushi lo persigue de cerca, obligando al protagonista a asumir su custodia en un entorno desconocido. En su huida, ambos se adentran en las profundidades de un misterioso y fantástico bosque. A lo largo del viaje, Flip deberá aprender a proteger a la bola de arcilla frente a los peligros del camino.