Sandy (Elijah Wood) es un niño que se ve obligado a irse a vivir con su tío Porter (Paul Hogan), a los Cayos de Florida. Aunque la idea no le gusta mucho, pronto descubrirá que le espera una aventura como nunca había soñado. Y es que nada más llegar se encuentra a un delfín en peligro. Tras salvarle la vida, Sandy se gana la confianza del animal, al que acaba llamando Flipper. A partir de ese momento explorarán las profundidades del mar, conocerán paraísos ocultos y se dedicarán a hacer nuevas amistades entre la funa marina.
Poco a poco, Flipper consigue incluso que el pequeño Sandy se sienta más cercano a su tío, aprendiendo a aceptar la nueva vida que le ha tocado vivir y el futuro que se le presenta. Sin embargo, todo amenaza con torcerse cuando surgen peligros que amenazan a Flipper y al océano por igual.
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