Inicialmente estaba previsto quela película se rodará en seis semanas pero finalmente tardaron 16 meses en filmarla.
Cuando Marlon Brando llegó al set de rodaje, Francis Ford Coppola estaba convencido de que el actor había hecho su trabajo y se había leído El corazón de las tinieblas, obra escrita por Joseph Conrad y en la que está basada la película, además de haber estudiado su papel. Sin embargo, el actor desconocia sus frases y, además, apareció con unos cuantos kilos de más. Para arreglar el error de Brando, Coppola tuvo que rodar sus escenas con un ángulo específico para que su Kurtz -que teóricamente era alto y muy delgado- no mostrase la enorme barriga que había cosechado Brando por entonces.
La escena del bar con el Coronel Kilgore y los heridos del Viet Cong está basada en un suceso real documentado por un reportero gráfico. Los supervivientes tuvieron que luchar con sus tripas sueltas, protegidas por una olla que, a su vez, iba atada alrededor de su cuerpo.
Martin Sheen sufrió un ataque al corazón durante el rodaje y algunas escenas en las que aparece el capitán Willard de espaldas están rodadas con dobles.
Francis Ford Coppola pasó días leyendo la novela de Joseph Conrad 'Heart of Darkness' en voz alta a Marlon Brando en el camerino.
Steve McQueen fue el primero en rechazar el papel del capitán Willard entonces se le ofreció el papel a Harvey Keitel. Tras dos semanas de rodaje, el director Francis Ford Coppola lo reemplazó finalmente por Martin Sheen.