Sam Fisher, un legendario agente de espionaje, regresa para guiar a una nueva recluta. Juntos deben desenmascarar una conspiración mundial mientras enfrentan peligros y traiciones.
Después de ser reclutado para unirse como infiltrado a una célula terrorista, el agente federal Darwyn Al-Sayeed deberá vérselas con el carismático Faris al-Farik, líder de este grupo de terroristas islámicos, mientras deberá evitar un atentado en Los Angeles.
Tras una misión fallida, XIII despierta sin recuerdos después de dos años encerrado en Rumanía. Al ser liberado, acepta localizar el arma de inteligencia Renelco mientras busca descubrir su verdadero pasado y su identidad.