Sam Fisher, un legendario agente de espionaje, regresa para guiar a una nueva recluta. Juntos deben desenmascarar una conspiración mundial mientras enfrentan peligros y traiciones.
Cuando la red de inteligencia artificial conocida como Skynet toma conciencia de sí misma y arrebata el control de las inteligencias artificiales a los humanos, se desencadena una guerra total que enfrenta a la humanidad con las máquinas.