Agent X se centra en John Case (Hephner), un agente de alto secreto del que nadie conoce su identidad real - ni siquiera el Presidente - que está entrenado y listo para servir, cuya única misión es el cuidado de la Vicepresidenta, Natalie Maccabee (Stone). La Vicepresidenta es viuda de un ex Senador de los Estados Unidos que tras la muerte de su marido inicia una meteórica carrera política. Maccabee mantiene una buena relación con Malcolm Millar (McRaney), el mayordomo de su mansión y el guardián de muchos de sus secretos. Junto a él y al agente secreto debe realizar una misión confidencial: proteger la Constitución en tiempos de crisis.