Señorita Panda y Señor Puercoespín se centra en la historia de unos jóvenes que viven en Corea del Sur. La trama comienza con la historia de Ko Seung Ji, un pastelero con mucho genio al que se le conoce como 'puercoespín', por su gusto por 'pinchar' a la gente y su carácter introvertido. Ël se encuentra con Pan Da Yang, una joven con una personalidad brillante, bondadosa, trabajadora y de trato fácil que regenta el Café Panda.
Además, aparecerá Choi Won Il, un apuesto y atractivo hombre que está enamorado de Pan Da Yang desde la escuela primaria. Los tres protagonistas se verán envueltos en un divertido y enigmático triángulo amoroso.