A raíz de la emisión de la serie surgió la campaña "Free Lolita", en la que los defensores de los animales exigían la liberación de la orca Lolita, que apareció en varios episodios.
Flipper fue "interpretado" por tres delfines diferentes: Mitzi, Little Bit y Mr. Gipper. Mitzi hacía los primeros planos, pero debido a que no estaba en muy buena forma, los saltos y acrobacias correspondían a Little Bit y Mr.Gipper.
O'Barry, el entrenador que participó en Flipper, ganó un óscar por su documental The Cove, en el que denunciaba los malos tratos a delfines.
Ric O'Barry era el encargado de entrenar a las cinco delfines hembra que fueron usadas en Flipper. Sin embargo, cuando una de sus delfines (Cathy) murió en sus brazos, O'Barry cambió el entrenar delfines en cautividad por combatir firmemente contra la cautividad de animales. La causa de la muerte de Cathy es que dejó de respirar de forma voluntaria (habilidad inherente a los cetáceos), tras varias semanas de cautividad.