Tres años después de la primera aventura, una nueva amenaza conocida como Digimon Kaiser pone en peligro el Mundo Digital impidiendo que los Digimon evolucionen.
Para enfrentarse a esta amenaza, una nueva generación de niños llega al Mundo Digital, liderado por Daisuke Motomiya y acompañado por V-mon, un Digimon con la capacidad de evolucionar de formas que nunca antes se han visto. Juntos se enfrentarán al enemigo y protegerán el equilibrio entre ambos mundos.