Basilisk: The Kouga Ninja Scrolls se ambienta en el Japón de finales del siglo XVI donde dos clanes ninjas rivales, el iga Tsubagakure y el Kouga Manjidani, están involucrados en una eterna lucha de sangre que se ha extendido durante siglos.
Dos pergaminos con los 10 mejores guerreros ninja de cada clan son enviados a sus respectivas aldeas con la orden de realizar una encarnizada lucha. Dependiendo de quien gane, conseguirá ser Shogun mientras que el otro clan eventualmente será su fin.