La tercera temporada de Cuestión de sexo llega con importantes novedades pero empezando por la misma trama, en la que los enredos sentimentales darán lugar a relaciones inesperadas entre los personajes principales. Las mujeres cobrarán un mayor protagonismo, y sus historias y el enfoque sobre las relaciones de pareja ocuparán un lugar privilegiado. Se incorpora al universo de Cuestión de Sexo el mundo de los solteros. Personas que buscan pareja y que viven las dificultad de intentar hacer su vida en un mundo donde parece que el número perfecto es el dos. Las relaciones homosexuales también tendrán su espacio en la serie. Las dudas sobre la identidad sexual, las inevitables etiquetas, los tabúes, la liberación, y lo más importante: cómo un amor de verdad es capaz de derribar cualquier muro que se ponga delante.
Gabi se pone enfermo y reclama la atención de Elena porque ella no le hace ni caso. Gabi cree que es por culpa de su trabajo en el viñedo, pero ella lo hace para pasar más tiempo con Diego. Elena está empezando a sentir algo por su mejor amigo.
Gabi y Elena necesitan una noche a solas sin su hijo. Pero cuando por fin consiguen que Sofía cuide a Felipe, nada sale según lo esperado.
Alba está encantada con el cambio que ha experimentado Diego y está convencida de que ha llegado el momento de dar el gran paso: casarse. Pero el problema es que su marido se está enamorando de Elena.
Elena y Diego son amantes, pero todavía no han dado el gran paso: acostarse. Los dos deciden quedar en un hotel para su primera vez. Pero las cosas se complican cuando Alba, inesperadamente, acude también a la cita.
Gabi descubre que Diego no tiene una aventura con Sandra, sino con otra mujer. Para pillarle in fraganti con su verdadera amante, decide llevar a cabo un plan: dejarle su casa para su encuentro.
Toni está deprimido porque su hijo Pablo ya no le reconoce. Además, pesa sobre él una orden de alejamiento que le impide verle. Toni, desesperado, decide secuestrar a su hijo.
Elena cada día está más disgustada con Gabi, no contribuye a la economía familiar y no hace ningún esfuerzo por buscar un trabajo. Esto y su aventura con Diego, le llevan a tomar una difícil decisión: dejar a su marido.
Mario y Paloma ya son pareja. Por eso Mario le pide a Paloma que le acompañe a un Congreso médico. Paloma acepta encantada, pero el problema es que Jacobo también va estar allí y ella no le ha dejado todavía.