‘El Presidio’, la instalación militar más antigua en activo del Ejército norteamericano, situada en San Francisco, ha sido el escenario de un brutal crimen. Un policía militar ha sido asesinado en esta base militar, ocupada por el ejército americano desde 1847. Jay Austin (Mark Harmon, en el papel de Leroy Jethro Gibbs en la serie 'NAVY: Investigación criminal') es el detective de la policía de San Francisco encargado de investigar el asesinato. Austin anteriormente trabajó en la policía militar, pero fue expulsado de ésta por una serie de circunstancias. El detective contará con la ayuda de Alan Cadwell (Sean Connery, 'La liga de los hombres extraordinarios'), un teniente coronel que debe colaborar con él en la investigación y que es un viejo conocido de Austin. Ambos comparten un pasado común en el que llegaron a ser adversarios, pero a pesar de no llevarse demasiado bien en la actualidad, los dos están destinados a entenderse si quieren resolver el asesinato. Cuando Donna Caldwell (Meg Ryan, 'Atrapado por amor'), la hija del coronel, se enamora de Austin, la relación entre ambos se complica.
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