Adaptación del comic manga creado por Naoki Urasawa. En 1969, Kenji, un niño de la escuela primaria, construye con sus amigos una base secreta durante sus vacaciones de verano, donde fantaseaban con luchar contra los villanos que intentaban conquistar el mundo. Todo eso lo escribieron en "El libro de las profecías". Años después, en 1997, ...
Durante 400 años hubo una guerra entre los clanes ninja más poderosos, los Koga y los Iga. El Señor Hattori Hanzou decretó la paz y desde entonces, los dos pueblos viven escondidos en el bosque sin confrontaciones, pero perfeccionando sus habilidades de lucha. El cruel Tenkai Nankobo, líder de todos los pueblos, sigue viendo a los dos clanes ...