Nacido en Dublin, comenzó su carrera en el mundo del cine como asistente de producción de Icon, en la ganadora del Oscar a la mejor película, Braveheart (1995) durante el rodaje en Irlanda. Inmediatamente después se trasladó a Los Angeles para trabajar de asistente de producción en Asesinos, de Richad Donner (1995) y Mars Attacks! de Tim Burton (1996).
Siguiendo su instinto de productor físico, se unió a un programa de formación en el ICM en Los Angeles en 1996, donde trabajó para tres de los agentes más importantes de la compañía: Ed Limato, Dave Wirtschafter y Jim Wiatt. Fue promocionado a agente de ICM, donde trabajó durante 18 meses representando a guionistas y directores. Seguidamente, Flynn se unió a la recién formada división directiva de Propaganda Films en 2000, una de las compañías de anuncios publicitarios más reputada, en la que han trabajado directores como Michael Bay, David Fincher y Spike Jonze antes de dar el salto de la publicidad al cine. En su siguiente etapa, trabajó brevemente en Catch 23, para pasar a convertirse en directivo con Tom Lassally de Kustom Entertainment, trayendo consigo a todos los directores a los que había representado.
En Enero de 2005, inició Chaos Management, una empresa de producción y representación asentada en Los Angeles, cuyos principales clientes eran directores y guionistas de todo el mundo.
David Flynn es a miembro de la British Academy of Film and Television Arts y reside con su familia en Santa Monica, California.