De orígenes judíos, su madre era asquenací (judíos que se asentaron en la Europa Central y Oriental) y su padre sefardí. Aprendió hebreo y los principios de la Torá. Sfar es un apellido procedente de `sofer´, que significa escriba en hebreo. Sfar siempre tuvo un lápiz a mano y, desde muy temprana edad, comenzó a coleccionar comics y almacenar un buen puñado de personajes atípicos y figuras de monstruos extraños y divertidos. Licenciado con honores en Filosofía en la Universidad de Niza, recibió clases de Jean-François Debord, en la Escuela Nacional Superior de Bellas Artes de París y entró en el estudio de Pierre Carron. Según él mismo confesó años después, las clases de morfología de Jean-François Debord le marcaron especialmente en aquel período. Dichas clases le llevan a las salas de autopsias del Museo de Historia Natural, donde se encuentra con pequeñas criaturas monstruosas. Siendo aún adolescente llamó a la puerta de famosos artistas del mundo del cómic, que terminarían convirtiéndose en sus ángeles guardianes. También llamó a varios editores, que terminarían haciéndole caso en 1994. Ese año, L´Association, Delcourt y Dargaud publicaron su primer comic. En pocos años, el joven al que en numerosas ocasiones se le había recriminado su falta de talento, terminó convirtiéndose en uno de los líderes de la `nueva ola´de los comics, junto a otros artistas como Christophe Blain, Lewis Trondheim y Emmanuel Guibert. Comienza a realizar dibujos menos formales y comerciales y trata de dar prioridad a las historias de sus tebeos, y no solo al aspecto gráfico. Su firma aparece en 150 tebeos, algunas novelas y películas de animación, entre las que se encuentran el videoclip ganador sobre la banda de rock Dyonisos. En 2006 recibió el Premio de la Industria Cómic Will Eisner, uno de los más prestigiosos del sector, por su comic The El gato del rabino .

Mientras su estilo literario le acerca a nombres como Romain Gary y Albert Cohen, la inteligencia de sus dibujos le convierten en el `heredero´ de grandes figuras, como Ronan Searle, Quentin Blake y Hugo Pratt. Erudito, interesado en diversas culturas e ideas, Joann Sfar ha desarrollado en apenas diez años, una obra sorprendentemente extensa y atractiva, que ha llamado la atención de lectores ajenos al cómic tradicional. Sfar se introdujo en el mundo del cómic por dos vías totalmente distintas pero simultáneas. Por un lado, encontró trabajo como guionista en la editorial Delcourt, donde demostró un gusto formidable, a la hora de narrar. Por el otro, escribía y dibujaba obras para la editorial de cómic independiente L’Association, donde explica historias menos convencionales. Allí utiliza un dibujo aparentemente desenvuelto, más interesado en la narración espontánea que en malgastar la energía de la inspiración realizando `dibujos bonitos´.

Debuta en 1994 con el álbum Les aventures d´Ossour Hyrsidoux y con varias historias en la revista Lapin, editada por L´Association, la cual le editará asimismo algunos álbumes de pequeño formato, en la colección Patte de Mouche. El mismo Sfar confesó: "Empecé a mandar proyectos con quince años; uno al mes, a todos los editores. Siempre dibujé tres páginas al día desde muy niño. Casi nunca me contestaban, pero de repente, Dargaud, Delcourt y L´Association me llamaron a la vez. Ante la oportunidad de trabajar con esas tres editoriales que yo apreciaba, porque siempre había sido lector de underground y de mainstream, empecé a desarrollar tres estilos algo distintos".

En 1996 lanza su primer álbum en color, Petrus Barbygère, con Pierre Dubois, para la editorial Delcourt; a partir de 1996, guioniza Los Potamoks, con dibujos del español José Luis Munuera y Troll, ilustrado por Jean-David Morvan. En 1997, da vida a La fille du professeur para Dupuis, con dibujos de Emmanuel Guibert, y al año siguiente, produce como autor íntegro la novela gráfica Paris-Londres para Dargaud.

En 1999 crea, de nuevo en solitario Les dossiers du professeur Bell y, para los lectores más jóvenes, Petit Vampire –a la que se incorpora en el 2000 una serie "hermana", Grand Vampire- y, de nuevo con José Luis Munuera al dibujo, Merlin; todas ellas para Delcourt. El mismo año iniciará su colaboración con Lewis Trondheim, en la popularísima La Mazmorra, en la que ambos autores comparten mano a mano las tareas de guión y dibujo.

En 2001, vuelve a trabajar con Guibert en Les olives noires, para Dupuis, protagonizada por un niño en la Judea de los tiempos de Jesucristo.

En 2002, realizó Socrate le demi-chien, con dibujos de Christophe Blain, para Dargaud, y muy especialmente, para la misma editorial y de nuevo como autor completo, un homenaje a sus raíces judías, con El gato del rabino, historia de las relaciones entre el rabino titular y su gato, un animal capaz de hablar y razonar como los humanos, que le valdrá tres premios en el Salón de Angoulême 2003 y otros galardones. Sfar es asimismo director de una colección de libros juvenil, Bréal Jeunesse, de la cual es autor de algunos títulos.

La palabra clave de la obra de Sfar es sin duda "familia". No conoció a su madre, que era cantante, el tiempo suficiente como para tener recuerdos de ella y muchos afirman que sus personajes femeninos tienen ecos de esa madre "fantasma". Perdí a mi madre a la edad en la que uno encuentra satisfacciones en el dibujo. Tenía tres años y medio y, desde entonces, de manera muy obsesiva, dibujo. La obra de Sfar va por libre, de un modo talentosamente autosuficiente, con una unidad que sólo se puede encontrar en las preocupaciones personales del autor: la virilidad, la feminidad, Dios, el arte, la política, la historia, la filosofía, la literatura, el cine, las culturas de los países que visita, la música... Erudito, interesado en diversas culturas e ideas, Sfar, más allá del “noveno arte”, ha desarrollado una obra sorprendentemente extensa y atractiva. Así, se rodeó de artistas gráficos de la prensa de humor como Ronald Searle, Sempé y Quentin Blake, el ilustrador de los cuentos de Roald Dahl. Gainsbourg. Vie héroïque, biopic sobre el cantante Serge Gainsbourg, supone su debut como director cinematográfico.