Yo, capitán narra la increíble odisea de dos jóvenes, Seydou y Moussa, que parten de Dakar para llegar a Europa, en busca de un futuro más prometedor. Un peligrosa peligrosa aventura a través de los obstáculos del desierto, los horrores de los campos de prisioneros libios y los peligros del mar.
Cuando el pesquero Marie-Morgane se hunde con toda su tripulación, Nolwenn Lenormand se niega a aceptar la versión oficial. Convencida de que un submarino es el culpable, emprende una lucha por destapar la verdad oculta bajo el mar.