14 años después del catastrófico Tercer Impacto, dos naves Evangelion pilotadas por Asuka y Mari se internan en el espacio con la misión de recuperar un contenedor que se encuentra en órbita sobre la Tierra y que contiene la llamada "unidad 01", de vital importancia. Cuando están a punto de hacerse con él, el dúo es atacado por la Nemesis ...
En las primeras batallas contra los monstruosos Ángeles asesinos, los jóvenes pilotos de los EVA (biandroides pilotados por los Children), Shinji y Rei, se vieron obligados a hacerse cargo de la salvación de la humanidad. Ahora, con el ataque incipiente de los Ángeles y el apocalipsis del Tercer Ángel, Shinki y Rei deberán confiar en dos ...
Traumatizado por el Segundo Impacto, el Cuarto Ángel ataca Tokio III y el destino de la humanidad está ahora en manos de la agencia especial Nerv. El joven Shinji Ikari se ve obligado a pilotar el EVA-01. A él y a la piloto Rei Ayanami, que pilota el EVA-00, se les encomienda luchar, pero el EVA-01 es dañado por el Sexto Ángel. Misato Katsuragi diseña un plan para transferir toda la electricidad de Japón al cañón de positrones del EVA-01 con el fin de derrotar al Ángel.