My Hero Academia: Dos Héroes sigue las aventuras de Izuku Mirdoriya en la ciudad móvil conocida como 1-Island, la misma que flota sobre el mar. Allí se celebra la I Expo donde se expone nuevas tecnologías para los superhéroes.
Una vez más, Deku y sus compañeros de la academia de héroes deben enfrentarse a un nuevo villano que busca acabar con todos los héroes y hacerse con el control de la sociedad.