Hiromasa Yonebayashi ha sido el animador más joven en dirigir una película del reconocido Studio Ghibli gracias a su trabajo en Arrietty y el mundo de los diminutos (2010).
Algunos elementos del filme, como la escuela de magia o la presencia de una piedra filosofal, puede recordar a la saga Harry Potter. Sin embargo, el director asegura que desconoce bastante ese universo.
Mary y la flor de la bruja es la primera película que produce Studio Ponoc, un royecto formado ex trabajadores de Ghibli.
Dado que la cinta se basa en la novela de Mary Stewart, cuya acción se situada en el condado británico de Slopshire, parte del equipo se dezplazó a Inglaterra para dar con la localización y dibujar desde allí.