El Ministerio del Tiempo: episodios de la temporada 2

Todos los miembros del Ministerio siguen impactados por la traición de Irene. Julián se reengancha después de estar en tratamiento, pero no participará en la misión. La patrulla ahora debe partir a la época de El Cid. El problema es que se han hallado unos huesos que parecen ser originales en un sitio donde no deberían estar. Amelia y Alonso, con la ayuda de Spínola, parten para el siglo XI investigar si existen dos Cid o es un impostor.

Julián se marcha del Ministerio. La patrulla se queda desolada y para darles apoyo en sus misiones aparece Jesús Méndez, más conocido como 'Pacino'. Un polícia de los años 80 que, persiguiendo a un asesino, ha aparecido en 2016. Este deberá probar que no es el asesino en un mundo en el que no conoce nada más que lo que sus ojos ven.

Pacino logra demostrar su inocencia y se une a la patrulla que esta vez deberá viajar a 1604 debido a que Miguel de Cervantes ha decidio venderle el Quijote a Walcott, el américano que ya fue apresado por el Ministerio tiempo atrás. Pacino, Amelia y Julián deberán hacer entrar en razón a Cervantes para que reescriba el Quijote y deje de hacer obras de teatro, de lo contrario, Don Quijote y Sancho Panza no existirán jamás.

Según cuenta la historia, en las navidades de 1808, Napoleón pasó la noche en el convento de Santa Clara de Tordesillas. Sus tropas tenían apresados al cura de Tordesillas y a dos espías españoles acusados de espiar los movimientos de los franceses. Sentenciados a muerte, les salvó la intervención de la abadesa que logró convencer a Napoleón que los dejase con vida. Pero al Ministerio llegan noticias de que la abadesa ha muerto antes de tiempo. Los apresados no pueden morir, debido a que uno de ellos es antepasado de Adolfo Suárez y si Napoléon les ejecuta, Suárez no nacerá. Si la abadesa ha muerto, la patrulla necesita una nueva abadesa, Angustias, la secretaria de Don Salvador, será la elegida.

Susana Torres es la nueva subsecretaria del Ministerio. Pero pronto se dará cuenta que no es tan fácil gobernar el Ministerio como ella piensa. En una misión en 1918, Irene cae enferma por culpa de la gripe. Susana ordena que la traigan de vuelta inmediatamente, y la gripe comienza a extenderse rápidamente por el Ministerio cobrando sus primeras víctimas, por lo que el Ministerio cierra sus puertas para no extender la enfermedad a través de los tiempos.

La patrulla tiene una nueva misión. Esta vez se trata de Joaquín Argamasilla, un muchahco que dice ver a través de los objetos incluso con los ojos vendados. Entre sus seguidores se encuentra gente de la talla de Valle Inclán o de Ramón y Cajal. Su fama traspasa fronteras y Houdini le llama para que vaya a Nueva York y comprobar si es verdad lo que dice. Pero por aquellos entonces Argamasilla es agente del Ministerio y estos sospechan que se pueda ir de la lengua. Por lo tanto, la patrulla debe acompañarle para que no diga ni una palabra de las puertas del tiempo.

Salvador vuelve a tomar el mando del Ministerio. Pero nada más llegar, el Ministerio se somete a una auditoría, y todos, incluida la patrulla, deben realizar tareas administrativas y supervisión de las puertas. Mientras Julián sigue en la guerra de Cuba viendo el dolor de todos los españoles. Tras jurar a un joven moribundo que va a llevar su última carta a su amada, viaja hasta Filipinas y va a parar a Baler. Julián no lo sabe, pero a pasado a formar parte de los "últimos de Filipinas".

Julían sigue atrapado en Baler, pero por suerte el Ministerio da con su paradero y Salvador envía a Alonso a liberarle en una misión secreta, de la que ni siquiera Pacino y Amelia saben nada. Alonso y Julián son los testigos presenciales del heroísmo de unos hombres defendiendo una plaza sin armamento, muertos de hambre y enfermos, luchando por lo que ellos pensaban que era territorio español sin saber que ya no lo era puesto que España había renunciado a sus derechos sobre Cuba y Filipinas. La ausencia de Alonso se alarga y Pacino y Amelia comienzan a sospechar.

Esta vez el que recibe el aviso no es ningún miembro de la patrulla, ni Salvador, ni Ernesto, ni Irene, sino Velázquez. En su móvil aparece un mensaje diciendo que uno de sus cuadros ha sido vendido a un precio enormemente grande. Cosa que sería normal si ese cuadro no hubiera sido quemado en el incendio del Alcázar de Madrid en 1734. El propio Velázquez e Irene marchan para ver que está ocurriendo, y encuentran lo que sospechaban: Darrow y Lola Mendieta están detrás de todo esto.

Es el día libre de Irene y acude a una exposición sobre el papel de la mujer en la lucha por los derechos sociales. Allí se encuentra a un grupo de jóvenes que ven como su profesora se desmaya al ver en un cuadro, una mujer igual que ella pero en 1912. Irene comienza a investigar el caso cuando salta una alarma en el Ministerio: la Vampira del Raval no ha sido detenida y anda suelta. La situación se agrava cuando se dan cuenta que esto puede cambiar el curso de la historia, además de que la Vampira del Raval sabe como viajar por el tiempo.

Lombardi era el presentador de un programa sobre fenómenos paranormales y descubrió una puerta del tiempo en el Castillo de Olite. Lo peor de todo no es eso, sino que lo contó en su programa, entonces el Gobierno se vio obligado a hacer pensar a la gente que todo era mentira y que Lombardi era un loco. Siete años mas tarde ha vuelto y Salvador se ve en la obligación de trasnformar el Ministerio para que parezca una institución política más. Pero la cosa se tuerce y de pronto, el descubrimiento de América corre un serio peligro.

La patrulla, Irene y Salvador deben asistir a una boda, pero no para todos es igual de feliz; Salvador y Julián no paran de pensar en sus respectivos enlaces. La boda se celebra en un castillo reconvertido en una salón de bodas, pero se dan cuenta que el castillo esconde una leyenda: la leyenda de la joven Constanza que no pudo casarse con su amado por culpa del señor del castillo en el siglo XIII. El problema surge cuando se dan cuenta que esto pasó de verdad y que en el castillo hay una puerta del tiempo que el Ministerio desconoce.

Felipe II hundido por la derrota de la Armada Invencible decide romper con las normas del Ministerio impuestas por Isabel la Católica y viaja al pasado para arreglar los errores y que la Armada gane la batalla. El Ministerio se niega a colaborar y Felipe, echando mano de la Inquisición, entra en el Ministerio y descubre que no solo se puede viajar al pasado, sino que también puede ir al futuro. Se planta en 2016 con la intención de ser, aparte del Rey del mundo, el Rey del tiempo. La patrulla se encuentra en una misión para salvar a uno de los padres de la Constitución de 1812 y cuando vuelven, se encuentran con que la historia ha cambiado y no precisamente para mejor.