Desaparecido, Erased en inglés y Boku Dake ga Inai Machi como título original, gira en torno a Satoru Fujinuma, un chico que trabaja como pizzero pero que quiere convertirse en un dibujante de manga profesional en pleno 2006. Pero lo que le más le caracteriza es que tiene el poder de viajar atrás en el tiempo cuando se acerca una tragedia, para así poder impedir que ocurra.
Todo va bien hasta que un día, debido a un recuerdo de su infancia, viaja a 1988 para poder atrapar al asesino en serie que mató a una compañera de clase suya y que le ha perseguido toda su vida.