El Nuevo mundo (2ª parte). Gary Navarro es detenido por intentar asesinar por segunda vez a Dennis Ryland. Por otra parte, cuando Isabelle descubre que es la clave para que su madre viva, la joven decide suicidarse saltando por el Centro de los 4400 pero sobrevive sin ningún rasguño. Más tarde, Matthew le dará una sustancia que podría matarla si se la inyecta.
S03E03 - Being Tom Baldwin
Cómo ser Tom Baldwin, 3ª temporada . Tom es acusado por el asesinato de Kim TJ. Le será difícil demostrar que no fue él porque entrará en escena un joven abducido con la capacidad de cambiar de aspecto cuando quiera. Por otra parte, la relación entre Shawn e Isabelle se va estrechando cada vez más.
S03E04 - Gone - Part 1
Maia tiene una visión escalofriante que pondrá en alerta a su madre. Pero, poco después, la chica desaparece. Tom y Diana intentarán desesperadamente encontrarla.Por otra parte, en el centro de los 4.400, alguien está llevando a cabo un plan para quitar el poder a Shawn.
S03E05 - Gone - Part 2
Tom y Diana viven en el futuro y parece que no recuerdan a su madre. Sin embargo, a pesar de que el experimento borrara de sus mentes cosas del pasado, hay recuerdos que les llevarán hasta Maia, aunque de una manera confusa. Por otra parte, se conocerá la relación entre Shawn e Isabelle, aunque ellos intenten mantenerla en secreto.
S03E06 - Graduation Day
Isabelle quiere vengarse del Grupo Nova después de que ellos atacaran a Shawn. Alana se enfrenta al hombre responsable de la muerte de su marido e hijo, en un accidente de coche hace nueve años.