Esta tercera temporada se ubica 11 años después de los hechos acontecidos en la anterior temporada. Ahora, Jotaro investiga a Josuke Higashikata, el hijo bastardo de su abuelo Joseph, para así poder encontrar un arco y una flecha mágica. Estos objetos otorgan misteriosamente poderes a las personas. En el viaje, Josuke y compañía averiguan que, en la ciudad de Morioh, se encuentra un asesino en serie con Stands. El grupo se dispone a indagar en el asesino para así detenerlo.