Henry es secuestrado y llevado al País de Nunca Jamás, donde le espera una versión de Peter Pan mucho más oscura de lo que recordábamos. En una inesperada alianza, Emma, Blancanieves; Encantador; Regina, Garfio y el señor Gold viajan a la isla para rescatar al niño perdido.
Mientras tanto, Bella se queda en Storybrooke, cuidando el pueblo, sin sospechar los peligros que se avecinan. Además, Mulán, Aurora y el Príncipe Felipe encuentran a un joven desorientado que busca desesperadamente a su familia.
Un equipo formado por Emma, Mary Margaret, David, Regina, Gold y Garfio llegan a Nunca Jamás para rescatar a Henry. Una vez en el país de fantasía, son recibidos por unas sirenas nada amigables. Por su parte, Henry trata de escapar de los Niños Perdiods. Neal, recuperándose de sus heridas, viaja por el Bosque Encantado, con una acompañante inesperada.
S03E02 - La niña perdida
Los héroes siguen buscando a Henry en un Nunca Jamás, controlado perfectamente por Peter Pan. Este tiene un encuentro con Emma en el que le ofrece un mapa que muestra a su hijo. El ofrecimiento, por supuesto, no será gratuito. El señor Gold, además, recibe un dato que podría explicar la verdadera intención de su viaje a este país. En el pasado, la Reina Malvada tiene una oferta para Blancanieves.
S03E03 - Un hada de lo más normal
Garfio propone al equipo buscar a Campanilla y que esta les lleve, directamente al campamento, de Peter Pan. En el campamento, Pan revela a Henry la razón por la que ha sido secuestrado. Neal tiene un plan para encontrar a Emma, pero conllevará un gran sacrificio de por medio. Además, en el pasado, una versión antigua de Campanilla ofrece ayudar a Regina a mejorar su vida.
S03E04 - Malos hábitos
El señor Gold decide tener un encuentro definitivo con Pan. Sin embargo, este debe decidir si salvar a Henry o, por el contrario, evitar la profecía que acabe con su propia vida. Neal llega a Nunca Jamás pero el recibimiento que le espera no es el que imaginaba. David continua luchando por su vida. En el pasado, Rumplestiltskin busca a un desaparecido Baelfire.
S03E05 - Buenos modos
Garfio busca una forma para salir de Nunca Jamás. Esta parece ser la única forma de que David consiga vivir. El resto del grupo continuaría la misión de rescatar a Henry. Por su parte, el capítulo revela a un Garfio, antes conocido como Killian Jones, que surcaba los mares con su hermano, el Capitán Liam, no con intención de robar si no de ayudar a los más necesitados.
S03E06 - Ariel
El grupo se divide: Emma, Mary Margaret, David y Garfio buscan la manera de rescatar a Neal, que se encuentra prisionero en el campamento. Por su parte, Regina y el señor Gold llegan a la conclusión de que la única forma de derrotar a forma es que los dos formen un solo equipo. Además, en el pasado, Ariel rescata a Blancanieves quién, a cambio, decide ayudarle a enamorar al Príncipe Eric.
S03E07 - La hondonada oscura
S03E08 - Piensa cosas bonitas
S03E09 - Salvar a Henry
Pan está a punto de conseguir tener los poderes del corazón del creyente más puro. Los héroes tienen que evitar que este lo consiga y, a la vez, luchar por la vida de Henry, más en peligro que nunca. Por su parte, en el Storybrooke del pasado, Regina recurre a la ayuda del señor Gold para poder adoptar a un niño.
S03E10 - El nuevo Nunca Jamás
Los héroes consiguen llegar a casa. Sin embargo, el regreso podría no ser tan triunfal como parecía. Un Peter Pan oculto podría haber llegado a Storybrooke con el objetivo de cumplir su tan ansiado y osucro plan. En el pasado, la luna de miel de Blancanieves y Encantador se convierte en una caza de un ser mitológico que podría parar a Regina.
S03E11 - Regreso a casa
S03E12 - Serenata en Nueva York
Rumplestiltskin sacrifica su vida para poder liberar a Storybrooke de su destino fatal. Los habitantes del pueblo regresan a su hogar natal. Henry y Emma son los únicos que se quedan en nuestro mundo, aunque viven en Nueva York y no tienen ningún recuerdo de Storybrooke y lo que ello conlleva. Esto amenaza con cambiar cuando un inesperado visitante llega a la ciudad neoyorquina.
S03E13 - Caza de brujas
Emma consigue regresar a Storybrooke con Henry y, además, trae de vuelta al resto de los personajes del pueblo. Estos, sin embargo, no recuerdan ni cómo han conseguido volver ni lo que ha pasado en el año de su ausencia. Por su parte, en el pasado, Robin Hood y Regina se cuelan en el antiguo castillo de la Reina, ahora regentado por la Cruel Bruja del Oeste.
S03E14 - La Torre
La búsqueda de la Cruel Bruja del Oeste continúa. Consciente de que sus persecutores se acercan, esta prepara una sorpresa para Encantador y consigue capturar a un poderoso rival, al cual somete. En el Reino de fantasía del año pasado, el Príncipe Encantador se encuentra con una Rapunzel que solo podrá ser libre si se enfrenta a sus miedos.
S03E15 - Mentes tranquilas
Regina descubre una conexión con Robin Hood, que podría tener sus ecos en el pasado. Por su parte, Neal intenta reconectar con un Henry que no recuerda quién es su padre. Además, este busca detalles sobre su propio padre. En el pasado, Neal llora la muerte de su padre, aunque busca la forma de poder traer a Rumple de vuelta a la vida.
S03E16 - It's Not Easy Being Green
Zelena tiene un esclavo de primera: Rumplestiltskin. Confiada de su poder, decide desafiar a Regina a una lucha a muerte. El motivo de la misma sorprende a la Reina Malvada. En el Oz pasado, una furiosa Zelena pide al mago que le lleve al Reino de los cuentos cuando se entera de que Rumple tiene una nueva alumna.
S03E17 - El Jolly Roger
Emma decide tomar clases de magia impartidas por Regina al ser la única forma posible de que Zelena pueda ser parada. Mary Margaret y David intentan, por su parte, demostrar a Henry que son igual de divertidos que Garfio. Ariel regresa a Storybrooke para pedir al Capitán que le ayude a encontrar a Eric. De forma paradójica, en el pasado, Ariel y Garfio se encuentran pero, esta vez, la sirena acusa al pirata de haber secuestrado a su enamorado.
S03E18 - Traspasando muros
Bella consigue encontrar la forma de frenar los planes de Zelena. Por su parte, Regina, ahora sin corazón, busca poder hablar con su madre para averiguar como es posible que Zelena sea su hermana. En el pasado, Cora es seducida por un hombre que afirma ser un príncipe pero que la engaña, dejándolo sola y embarazada.
S03E19 - Algo curioso
Los labios de Garfio han sido hechizados: Si este besa a Emma, los poderes de la misma desaparecerán. Aunque el capitán se niega a cumplir la voluntad de la bruja, esta amenaza con matar a Henry si ese beso no se produce. En el pasado, Blancanieves y Encantador se dirigen en busca de Glinda, la bruja buena del Sur.
S03E20 - Kansas
Mary Margaret está a punto de dar a luz a su segundo hijo. Sin embargo, el sentimiento que invade a los habitantes no es el de felicidad, sino el de preocupación. Si Zelena consigue hacerse con el bebé, podrá ser capaz de viajar en el tiempo y acabar con Regina. En el Oz pasado, Glinda ofrece a Zelena la posibilidad de unirse a su grupo de protectoras del Reino. Sin embargo, la llegada de una invitada inesperada dificultará esta posibilidad.
S03E21 - Blanca a la deriva
La felicidad se apodera de Storybrooke cuando Encantador y Blancanieves celebran la llegada de su segundo hijo al mundo. De forma opuesta, Garfio y Emma son transportados al pasado gracias a Zelena. Allí, los dos héroes deberán buscar la forma de regresar a su hogar pero sin cambiar nada en absoluto en el proceso.
S03E22 - Se está mejor en casa que en ningún lado
El plan de Emma y Garfio no sale de la forma esperada. Los héroes son capturados por una Regina que ve en ellos la ocasión perfecta para seguir llevando a cabo su plan. Esto ha provocado que la línea del tiempo se rompa. Sin embargo, cuando son apresados, se encuentran con una Blancanieves que está en la misma situación.
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